政府投資建設的畜禽糞便集中處理中心采用市場化運營后，由具備相應資質的專業公司、農民合作社及行業協會等社會主體具體運營，成立收集服務隊伍，完善服務體系。 第一，根據服務區內畜禽養殖污染的現狀及地形、交通等條件，建立區域養殖戶畜禽糞便產生源數據庫和服務區域信息地圖，劃定片區，建立收集點、收集位置、收集頻率和所需人工，分片區平衡設計收集路線，每個片區確定1名責任人，負責本片區的糞便收集，并制訂收集計劃表，將每天的清運計劃安排到戶（GPS跟蹤），統一調配，即時管理，確保工作有序高效展開。第二，基于養殖場（戶）的養殖種類、糞便產生量、糞糞便收集方式、地理位置分布和運輸成本，確定最優的畜禽養殖糞便無害化處理與資源化利用模式，并擇優選用高附加值的處理技術。第三，建立運行臺賬，包括與養殖戶簽訂的糞便收集臺帳、處理中心運作資金明細臺賬、糞便資源化利用去向及經濟效益臺賬。政府根據原臺帳、養殖戶和種植基地反饋情況，撥付運行費用及相關的獎懲補助資金。